Thiên Chúa, nguồn gốc của mọi điều thiện hảo, đã ban cho Giáo Hội một đặc sủng ngang qua một con người – thánh I-nhã Loyola – và một nhóm người, nhóm bạn đầu tiên cùng chí hướng của thánh I-nhã. Sau khi được ơn hoán cải ở tuổi 30, thánh I-nhã (Ignace de Loyola, 1491-1556) đã quyết tâm phục vụ Đức Kitô. Ngài đã có nhiều kinh nghiệm thiêng liêng đặc biệt mà sau này được đúc kết thành tập sách nhỏ Linh Thao.Trong thời gian học ở đại học Paris, I-nhã đã quy tụ được một nhóm bạn cùng chí hướng qua việc hướng dẫn Linh Thao cho từng người. Trong số đó, có thánh Phanxicô Xaviê và thánh Phêrô Favre.

Ngày 15.8.1534, nhóm bạn của I-nhã đã cam kết sống chung với nhau trong một cộng đoàn, khấn khó nghèo, làm việc tông đồ và đi hành hương Đất Thánh. Lúc đó, nhóm không có tên, không có luật, không ai có quyền trên ai. Họ chỉ liên kết với nhau vì chia sẻ cùng một lý tưởng tông đồ và sống tình bạn thiêng liêng. Năm 1537, cả nhóm đã tụ họp về Venezia để chuẩn bị đi hành hương Thánh Địa. Trong thời gian chờ đợi đi Đất Thánh, họ chia ra từng nhóm nhỏ đi phục vụ, dưới danh nghĩa là nhóm bạn đồng hành của Chúa Giêsu, gọi tắt là Đoàn Giêsu.

Do không thể đi Thánh Địa vì có chiến tranh, cả nhóm quyết định đi Roma vào cuối năm 1537 để đặt mình dưới sự hướng dẫn trực tiếp của vị thủ lãnh Giáo Hội hầu được sai đi bất cứ nơi đâu trên thế giới để phục vụ các linh hồn. Mùa Chay năm 1539, họ gặp nhau nhiều lần để cùng phân định hướng đi cho tương lai: hoặc mỗi người đi theo con đường của mình như đã được Đức Giáo Hoàng chỉ định, hoặc tự ràng buộc với nhau để trở thành một nhóm bạn vĩnh viễn. Cuối cùng, họ quyết định liên kết với nhau qua lời khấn vâng phục một người trong nhóm và trở thành một dòng tu để hỗ trợ nhau trong sứ mạng phục vụ Đức Kitô.

Ngày 27.9.1540, ĐGH Phaolô III chính thức công bố trọng sắc Regimini Militantis Ecclesiae phê chuẩn Đoàn Giêsu thành một dòng tu giáo sĩ trong Hội Thánh. Từ đó Đoàn Giêsu trở thành Dòng Chúa Giêsu (The Society of Jesus – ở Việt Nam quen gọi là Dòng Tên, vì muốn kính Tên cực trọng Giêsu). Mười thành viên trong dòng tu mới lập đều nhất trí bầu cha I-nhã làm Bề trên Tổng Quyền tiên khởi (1540-1556).

Thánh I-nhã sinh năm 1491 tại lâu đài Loyola, tỉnh Guipuzcoa, miền Bắc Tây Ban Nha. Ngài thuộc gia đình quý tộc, được huấn luyện để trở thành hiệp sĩ. Năm 1521, ngài bị thương trong trận chiến tại Pamplona. Trong thời gian dưỡng thương, ngài được ơn hoán cải và quyết tâm noi gương các thánh phục vụ Đức Kitô. Sau đó, ngài đã đến Manresa tĩnh tâm một năm trước khi đi hành hương Thánh Địa Giêrusalem. Đây cũng là thời gian ngài được những kinh nghiệm thiêng liêng đặc biệt, nhờ đó ngài khởi sự soạn thảo tập sách nhỏ Linh Thao.

Sau khi hành hương về, trong thời gian 1524-1527, khi học ở Barcelona và Acalá, ngài thường giúp người khác về đời sống thiêng liêng bằng chính kinh nghiệm của mình. Ngài đã từng bị bắt giam mấy lần và bị cấm giảng đạo, vì ngài chưa học đầy đủ. Năm 1528, ngài lên Paris học để mong được tiếp tục giúp các linh hồn. Tại Paris, I-nhã đã quy tụ được một nhóm bạn sinh viên cùng chí hướng qua việc hướng dẫn Linh Thao cho từng người. Ngày 15.8.1534, I-nhã cùng với các bạn trong nhóm đã khấn khó nghèo, đi hành hương Thánh Địa và phục vụ tha nhân sau khi hành hương. Ngày 24.06.1537, I-nhã được thụ phong linh mục cùng với năm người bạn khác, trong đó có thánh Phanxicô Xaviê.

Tháng 11.1537, trên đường từ Vicenza đến Rôma đặt mình dưới chân Đức Giáo Hoàng để được ngài sai đi, khi vào cầu nguyện trong một ngôi nhà nguyện nhỏ ở La Storta, thánh I-nhã đã được Chúa ban ơn soi sáng đặc biệt và mãnh liệt là “được Chúa Cha đặt với Chúa Con” để phục vụ Đức Kitô. Kinh nghiệm thiêng liêng này chính là nền tảng của đặc sủng Dòng Tên.

Năm 1539, sau nhiều lần cầu nguyện và phân định thiêng liêng chung, I-nhã và các bạn đi đến quyết định liên kết với nhau trở thành một dòng tu mang Tên Chúa Giêsu. Năm 1540, I-nhã được các bạn bầu làm Bề trên Tổng Quyền tiên khởi của Dòng. Từ năm 1541–1550, thánh I-nhã đã soạn thảo Hiến Chương của Dòng.

Sau khi được chuẩn nhận để trở thành Dòng tu, các Giêsu hữu (tên gọi của tu sĩ Dòng Tên) đầu tiên đã hăng say phục vụ Giáo Hội trong khắp Châu Âu. Thánh Phanxicô Xaviê được sai đi truyền giáo tận Châu Á. Sau 16 năm, số tu sĩ đã tăng từ 10 lên 1000 người. Các Giêsu hữu dấn thân trong mọi lãnh vực để phục vụ: giáo dục, suy tư thần học, tham gia Công đồng Trentô, giúp Linh thao và giảng thuyết. Các Giêsu hữu cũng được sai đi khắp nơi trên thế giới để loan báo Tin Mừng: đến Châu Á (từ 1542), Châu Phi (1548), đến Nam Mỹ (1552), và Bắc Mỹ (1639). Một nét đặc biệt trong công cuộc loan báo Tin Mừng của các Giêsu hữu ở Châu Á đó là việc hội nhập văn hoá: ở Ấn Độ do Roberto de Nobili, ở Trung Hoa do Mateo Ricci, ở Việt Nam do Alexandre de Rhodes (Đắc Lộ).

Từ giữa thế kỷ XVII, Dòng Tên đã gặt hái nhiều thành quả trong sứ mạng phục vụ, nhưng cũng gặp nhiều chống đối. Sự chống đối đến từ các chính quyền ở Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha, do mất quyền lợi từ các thuộc địa có các thừa sai Dòng Tên đến truyền giáo và nâng cao dân trí; ở các quốc gia theo trào lưu Tin Lành lúc bấy giờ; ở Châu Á do sự nghi kỵ các thừa sai. Năm 1773, trước sức ép nặng nề của các chính quyền ác cảm với Dòng Tên, ĐGH Clementê XIV ra đoản sắc Dominus ac Redemptor giải thể Dòng trên toàn thế giới. Tuy nhiên, hoàng đế nước Phổ Frederick II và nữ hoàng Nga Catherina I đã cho phép Dòng Tên tiếp tục hoạt động ở Phổ và Nga.

Ngày 07.08.1814, ĐGH Piô VII ra trọng sắc Sollicitudo omnium Ecclesiarum tái lập Dòng Tên. Dòng Tên bắt đầu hồi sinh, tiếp tục phục vụ trong các hoạt động giáo dục, truyền giáo và hướng dẫn thiêng liêng.

Tháng 01 năm 1615, ba Giêsu hữu đầu tiên đã đặt chân đến Cửa Hàn, Đà Nẵng thuộc Đàng Trong. Ngày lễ Thánh Giuse năm 1627, Cha Alexandre de Rhodes (Đắc Lộ) cùng với Cha Pedro Marquez đến Cửa Bạng (Thanh Hóa) gây dựng Hội Thánh Đàng Ngoài.

Trong thời gian 1615-1773, trên 155 tu sĩ của Dòng thuộc 20 quốc tịch (nhiều nhất là Bồ Đào Nha) đã đến loan Tin Mừng trên Đất Việt, cùng với 33 Giêsu hữu người Việt. Trong số đó, có 12 Giêsu hữu đã làm việc trong Thái Y Viện và Khâm Thiên Giám duới triều các Chúa Nguyễn.

Năm 1773, Dòng Tên bị giải thể trên toàn thế giới, và các Giêsu hữu ở Việt Nam cũng theo số phận chung với anh em mình trong toàn Giáo Hội.

Ngày 07.08.1814, ĐGH Piô VII ra trọng sắc Sollicitudo omnium Ecclesiarum tái lập Dòng Tên trên toàn giới. Mãi đến năm 1957, Dòng Tên mới trở lại Việt Nam. Tháng 12 năm 1956, cha Bề Trên Tổng Quyền đã yêu cầu các Giêsu hữu đã bị chính quyền Trung Hoa trục xuất (năm 1949) nhận trách nhiệm lập cơ sở mới phục vụ Giáo Hội tại Việt Nam. Tháng 4 năm 1957, cha Oñate và cha Georges Germain tới Sài Gòn để thực hiện chương trình này. Khi Dòng Tên trở lại Việt Nam, cộng đoàn đầu tiên đã được thành lập tại số 161 đường Yên Đỗ, Quận 3, Sàigòn. Đó là cộng đoàn thánh I-nhã, sau này là trung tâm Đắc Lộ. Sau gần hai thế kỷ vắng bóng trên đất Việt, các Giêsu hữu đã trở lại phục vụ Giáo Hội tại Việt Nam.

Từ 1957–1975, các Giêsu hữu – thuộc 14 quốc tịch khác nhau – đã phục vụ trong các sứ vụ: giảng dạy tại Giáo Hoàng Học Viện Thánh Piô X tại Đà Lạt để đào tạo Linh mục cho Giáo Hội Việt Nam, giảng dạy tại các đại học, truyền thông xã hội, mục vụ cho sinh viên và giới trẻ.

Từ 1975–1990, hoàn cảnh đất nước đổi thay, như các anh chị em tu sĩ khác, Dòng Tên phải đối diện với những khó khăn và thách đố khi trung thành sống căn tính của mình. Trong thời gian này, các Giêsu hữu âm thầm hòa mình vào nhiều môi trường xã hội khác nhau để tiếp tục hiện diện và phục vụ Hội Thánh và con người trong bối cảnh mới của đất nước.

Từ 1991, Dòng Tên bắt đầu hồi sinh. Các hoạt động mục vụ của Dòng từ từ được định hình trở lại với các sinh hoạt: giúp Linh Thao, mục vụ giáo xứ, sinh viên và giới trẻ, truyền giáo… Ơn gọi mới của Dòng mỗi ngày một nhiều hơn. Ngày 14.07.2007, Miền Dòng Tên Việt Nam được chính thức nâng lên thành Tỉnh Dòng Tên Việt Nam, với bổn mạng là Thánh Phanxicô Xaviê.

Ngày 18.01.2014 Dòng Tên Việt Nam cử hành Năm Thánh kỷ niệm 400 năm Dòng Tên loan báo Tin Mừng trên Đất Việt. Thánh Lễ khai mạc Năm Thánh được cử hành tại Vương Cung Thánh Đường Đức Bà Sài Gòn do Đức Tổng Giám mục Phaolô Bùi Văn Đọc, Tổng Giám mục Tổng Giáo phận Sài Gòn chủ tế. Năm Thánh đặc biệt này nhằm kỷ niệm biến cố ba tu sĩ Dòng Tên gồm: linh mục Francesco Buzomi – người Ý, linh mục Diogo Carvalho – người Bồ Ðào Nha, và tu huynh António Dias – người Bồ Ðào Nha đặt đến vùng biển Cửa Hàn – Ðà Nẵng. Nhờ bàn tay quan phòng của Thiên Chúa, các thừa sai Dòng Tên đã khám phá một cánh đồng truyền giáo bao la và phì nhiêu nơi vùng đất Con Rồng Cháu Tiên. Khởi đi từ biến cố này, Tin Mừng của Chúa Kitô đã dần dần được loan báo rộng rãi tại cả Ðàng Trong lẫn Ðàng Ngoài và đã đâm hoa kết trái phong phú.

Tính đến năm 2020, tỉnh Dòng Việt Nam có 272 tu sĩ, trong đó có 98 linh mục, 125 học viên, 16 tu huynh, và 36 tập sinh, phục vụ tại nhiều cộng đoàn khắp cả nước và các sứ vụ quốc tế tại hải ngoại.